با گذشت زمان، الاهیدانان سرانجام از دو زاویۀ مختلف به درک تثلیث رسیدند. آنها صحبت دربارۀ هستی شناسی تثلیث و هم‌آرایی تثلیثی را آغاز کردند. واژۀ «هستی‌شناسی» به هستی و وجود اشاره می‌کند. بنابراین، اصطلاح الاهیاتی «هستی‌شناسی تثلیث» می‌باید در مورد وجود پدر، پسر، و روح‌القدس در تثلیث صحبت کند. از این جنبه، روح‌القدس در قدرت و جلال با پدر و پسر برابر و در تمامی صفات الاهی با آنها شریک است. بر طبق چهارمین پاسخِ پرسش و پاسخ موجز وست‌مینستر، هر سه شخص «در وجود، حکمت، قدرت، قدوسیت، عدالت، نیکویی، و حقیقت، لایتناهی، ابدی و تغییرناپذیر» هستند.
به یاد دارید که نسخۀ «نیقیه - قسطنطنیه» می‌گوید: ما به روح‌القدس، خداوند و بخشنده حیات ایمان داریم، که از پدر صادر می‌شود.
بعدها کلیسایِ غرب نسخۀ لاتین این اعتقادنامه را بسط داد تا واژۀ فیلیوک (filioque) را که به معنی «و پسر» است، به آخر این عبارت اضافه کند. به همین دلیل، هم اکنون اکثر کلیساهای غرب از نسخه‌ای استفاده می‌کنند که بر طبق آن روح‌القدس «از جانب پدر و پسر صادر می‌شود.» برخی الاهیدانان چنین استنباط کرده‌اند که صدور روح‌القدس هستی‌شناختی است. یعنی، به باور آنان تشخصِ ابدی روح از سوی پدر و یا از سوی پدر و پسر «دمیده شده است». ولی سایر الاهیدانان صدور روح را به مثابة یکی از کارکردهای هم‌آرایی تثلیثی می‌دانند.
اصطلاح الاهیاتی «هم‌آرایی تثلیثی» به چگونگی تعامل بین پدر، پسر، و روح‌القدس، به ویژه در ارتباط با آفرینش، اشاره می‌کند. از این جنبه، هر یک از آنها وظایف، مسئولیت‌ها، و حتی اقتدار متفاوتی دارند. از بسیاری قسمت‌های کلام خدا چنین بر می‌آید که روح‌القدس به خواست خود به پدر و پسر خدمت می‌کند. برای نمونه، او توسط پدر و پسر فرستاده یا «داده» شده است. کلام خدا این موضوع را در قسمت‌هایی نظیر لوقا ۱۱: ۱۳، یوحنا ۱۴: ۲۶ و ۱۵: ۲۶، و اعمال ۲: ۳۳ تعلیم می‌دهد. و زمانی که روح می‌آید، با انجام کاری که پدر و پسر او را بدان منظور فرستاده‌اند، از آنها اطاعت می‌کند. این موضوع را از قسمت‌هایی مانند یوحنا ۱۶: ۱۳، رومیان ۸: ۱۱، و اول پطرس ۱: ۲ می‌آموزیم.
به خاطر چنین آیاتی است که بسیاری از الاهیدانان بر این باورند که در چهارچوب هم‌آرایی تثلیثی، پدر و پسر اقتدار بیشتری نسبت به روح‌القدس دارند. باید تاکید کرد که حتی در این حالت روح کماکان کاملا خداست، و اینکه اینچنین ساختارِ اقتداری وجود دارد به این دلیل است که هر سه شخص تثلیث آن را می‌خواهند و با آن موافق هستند. بنابراین، روح‌القدس در قیاس با پدر و پسر به هیچ‌وجه در رتبۀ پایین‌تری قرار ندارد.
دیوید کوریا در این زمینه می‌گوید:
تشخیص تفاوت بین هستی‌شناسی تثلیث و هم‌آرایی تثلیثی مهم است. الاهیدانان وجه تمایز فوق‌العاده مفیدی را در این زمینه مشخص کرده‌اند که می‌تواند ما را از سردرگمی‌های بسیاری به هنگام مطالعه آموزۀ تثلیث نجات دهد. زمانی که صحبت از هستی‌شناسی تثلیث می‌کنیم، به ماهیت آن اشاره داریم. حقیقتی که مَد نظر ماست این است که سه شخص تثلیث –پدر، پسر، و روح‌القدس – در ذات و قدرت و جلال برابرند. البته هیچ یک از آنها از این لحاظ برتر از دیگری نیست. پدر خداست. پسر خداست. روح‌القدس خداست. این موضوع را چنین می‌توان بیان کرد: پدر صد در صد خداست. پسر صد در صد خداست. روح‌القدس صد در صد خداست. ولی وقتی به بحث وظایف و تعیین وظایف می‌رسیم، از هم‌آرایی تثلیثی صحبت می‌کنیم. منظور ما اینست که طبق تعالیم کتاب‌مقدس، هر چند چنانکه قبل‌تر گفتیم، این سه در ذات و قدرت و جلال برابرند، زمانی که صحبت از وظایف یا نقش‌های گوناگون آنها به میان می‌آید، پدر در مقام شخصی که رستگاری را برای ما برگزیده است، نقش نجات ما را بر عُهده دارد. پسر شخصی است که با مرگ خود به جای ما، کار رهایی را به کمال می‌رساند. و روح‌القدس شخصی است که عمل نجات را اِعمال می‌کند. در هم‌آرایی تثلیثی، مشاهده می‌کنیم که پسر مطیع پدر، و روح‌القدس مطیع پسر و پدر است. این بدان معنی نیست که از دیدگاه هستی‌شناسی تثلیث، پسر و یا روح‌القدس کمتر از پدر هستند، بلکه می‌توان گفت که آن دو، طبق توافقی مشترک، به خواست خود مطیع اقتدار پدر شده‌اند.
قرن‌ها طول کشید تا آموزۀ روح‌القدس قاعده‌مند شود. اما این به آن معنی نیست که کلیسا در طی آن سده‌ها به مبانی روح‌شناسی اعتقاد نداشت. گذشته از همۀ اینها، کلیسا در هر عصری از کلام خدا با آغوش باز استقبال کرده است؛ کلامی که آشکارا تعلیم می‌دهد که روح‌القدس شخصی است واجد الوهیتِ تام – یعنی یک عضو هم‌تراز در خدای تثلیث. واقعیت این است که روح‌شناسی مرحله به مرحله، و عموما در واکنش به بدعت‌ها قاعده‌مند شد. الاهیدانان به این نتیجه رسیدند که برای جلوگیری از گمراهی دیگران لازم است جزئیات بیشتری ارائه کنند و با شفافیت افزون‌تری سخن بگویند. این قاعده‌مندی‌ها در محک زمانه سربلند ماندند طوری که در طی سده‌های گذشته، تقریبا تمامی فرقه‌های کلیسا همین باورها را در مورد نقش روح‌القدس در تثلیث تأیید کرده‌اند.
